Tras la apertura de Japón al comercio exterior en 1854, los misioneros católicos regresaron a Nagasaki y construyeron la “
Catedral de Oura” para los occidentales dentro del Asentamiento Extranjero de Nagasaki. En 1865, un grupo de cristianos ocultos de Urakami llegaron a la catedral y reveló a los misioneros que habían estado practicando el Cristianismo en secreto. Este suceso se conoció como el “Descubrimiento de los Cristianos Ocultos”, tras el cual muchas comunidades de Cristianos Ocultos proclamaron su fe a pesar de que la prohibición del Cristianismo aún estaba en vigor. Las autoridades reforzaron una vez más la represión de los cristianos, dando lugar a la última oleada de persecuciones. En 1873, sin embargo, por la influencia de países occidentales que presentaron fuertes protestas al gobierno Meiji, la prohibición del Cristianismo fue finalmente levantada en Japón. Consecuentemente, los Cristianos Ocultos se dividieron en tres grupos: (1) aquellos que reaceptaron el Catolicismo bajo la guía de los misioneros y se reincorporaron a la Iglesia Católica, (2) aquellos que continuaron con sus propias prácticas, y (3) aquellos que decidieron convertirse al Budismo o al Sintoísmo.
Se construyeron sencillas iglesias en las aldeas donde los habitantes se reconvirtieron al Catolicismo. Entre estas iglesias,
la Iglesia de Egami en la isla de Naru (iglesia de Egami y sus alrededores) es un ejemplo representativo que demuestra claramente cómo se adoptaron las técnicas tradicionales para tratar con el medio ambiente en los lugares a los que emigraron los Cristianos Ocultos y que marcan visualmente el final del “ocultamiento”.